ChIP-Seq（染色质免疫沉淀测序）是一种强大的技术，用于研究蛋白质如转录因子和组蛋白修饰与DNA的相互作用。通过这种技术，研究人员能够全面理解基因表达的调控机制，揭示细胞内的分子事件和疾病发生的分子基础。本科研服务旨在为广大科研工作者提供高质量的ChIP-seq实验和数据分析服务，从而加速科研进展和成果的产出。
一、服务介绍
1. 实验设计咨询
提供个性化实验设计方案，根据研究目的和样本类型选择最合适的ChIP-seq策略。
确定目标蛋白质和相应的特异性抗体。
2. 样本处理
接收多种类型的样本，包括细胞系、组织样本和流式细胞分离的细胞。
使用优化的协议进行染色质免疫沉淀，以确保高效率的DNA-蛋白质复合物的提取。
3. 测序和数据生成
利用先进的测序平台（如Illumina NovaSeq）进行高通量测序，保证高深度覆盖率和重复性。
提供原始测序数据和质量控制报告。
4. 数据分析和解读
提供全面的数据分析服务，包括质量控制、序列比对、峰值检测、目标基因识别等。
进行富集分析、基因本体分析（GO）、通路分析以及基因表达调控网络的构建。
生成易于理解的报告和图表，帮助用户快速理解结果。
5. 后续支持和咨询
提供实验结果的解释和后续研究建议。
解答客户在实验设计、结果解析及数据应用方面的任何疑问。
二、服务优势
1、专业团队：由经验丰富的专家组成的团队，提供专业的实验操作和数据分析服务。
2、高效率：优化的实验流程和自动化的数据处理，确保项目快速完成。
3、高质量：严格的质量控制体系，保证实验和数据分析的高准确性和可重复性。
4、客户定制：根据客户的具体需求提供定制化服务，确保研究目标得以实现。
我们的目标是通过提供高质量的ChIP-seq服务，支持科研工作者在基因组学、表观遗传学和分子生物学等领域的研究，加速科学发现和成果转化。欢迎联系我们获取更多信息和服务详情。
关于ChIP-Seq文库构建和测序主要分为以下几步：
1、甲醛交联细胞系，将目标蛋白与染色质连接起来；
2、分离基因组DNA，并用超声波/酶切将其打断成一定长度的小片段；
3、添加与目标蛋白质特异的抗体，形成抗体与目标蛋白的免疫沉淀免疫结合复合体；
4、去交联，纯化DNA，建库测序。
对于ChIP-Seq数据，分析流程
1. 首先利用fastqc软件对原始数据进行质量评估；
2. 再使用BWA或bowtie软件将原始数据比对到参考基因组；
3. 然后用MACS分别对每例样本进行峰挖掘（peak calling),
4. 之后对peaks 区域进行基因组位置注释、motif分析，并对靶基因进行GO和KEGG富集分析；
5. 若具有多种实验组样本，可挖掘各组样本间具有差异的peaks进行特异性分析等。
[1] Zhao L, Xie L, Zhang Q, et al. Integrative analysis of reference epigenomes in 20 rice varieties. Nat Commun. 2020;11(1):2658. Published 2020 May 27. doi:10.1038/s41467-020-16457-5
ChIP-Seq样本送样指南
目录
1. 采集前注意事项
2. 送样要求
3. 样品送样指南
动物组织
植物组织
细胞
4. 样品包装与储存
5. 样品运输
6. 声明
Note: Refuse to accept highly pathogenic and infectious samples！
注意:拒绝接收高致病性和传染性样品！
1. 采集前注意事项
| 重复性 | 所有类型样本均需≥3个/组 |
| 无污染 | 放置样本的管子需无菌， 并保证样本新鲜 |
| 为实现实测序结果，请保证样本无其他微生物污染（如：支原体，噬菌体） | |
| 样本量 | 样本送量需达到本文档中规定的最低要求 |
2. 送样要求
项目类型 | 细胞样本 | 组织样本 | |||||
| 细胞活率 | 细胞核个数 | 要求冻存的细胞个数 | 活细胞个数 | 动物组织 | 植物组织 | ||
ChIP-Seq | 冻存前 | 复苏后 | |||||
| ≥ 90 % | ≥ 85 % | ≥ 4万 | 12-15万/管 | 10-12万/管 | ≥200 mg 100 mg/样 | ≥2 g 1 g/样 | |
注：组织样本包含动植物组织样本
3. 样品送样指南
| 动物组织 | |
新鲜组织 ≥ 100 mg | 活体取样，剔除结缔组织以及其它非研究组织 |
| 用预冷的PBS漂洗（PBS需不含Mg2+和Ca2+ ， 即DPBS） ，去除血液和杂质 | |
| 体积较大的组织需切割成绿豆大的小块 | |
| 将样本装入事先做好标记的组织保存液管中， 立即放在冰上 | |
| 冷冻组织 | 活体取样，剔除结缔组织以及其它非研究组织 |
| 用预冷的PBS漂洗（PBS需不含Mg2+和Ca2+ ， 即DPBS） ，去除血液和杂质 | |
| 将样本装入标记的冻存管中， 立即液氮速冻2 min或- 80 ℃保存。如没有液氮，立即在干冰上放置15 min ，-80 ℃保存 | |
| 植物组织 | |
| 新鲜组织 | 植物ChIP-Seq只接受新鲜样本，待测样本用ddH2O洗去组织表面泥土等杂质，吸干水分 |
| 要求每个样本准备2份，每份样本的质量≥1 g ，单独分装 | |
| 细胞 | |
| 新鲜细胞 | 仅限武汉地区运输， 细胞个数应达到1-1.2×105个，细胞活率应>90 % |
| 将样本制备成悬浮细胞，贴壁细胞需先消化好 | |
| 细胞用培养基悬浮， 装满离心管， 防止运输过程中晃动， 管盖用封口膜封住，标记好样本信息 | |
| 冷冻细胞 | 贴壁细胞：吸掉培养基，加入适量1×PBS，用不含Mg2+和Ca2+ 的PBS(即DPBS)，洗2次， 洗尽培养基,胰酶消化细胞， 利用完全培养基终止反应， 将贴壁细胞吹下后， 转移至冻存管，细胞悬液在4 °C条件下500 rpm离心5 min，弃上清 |
| 悬浮细胞：将细胞悬液转移至冻存管， 在4 ℃条件下500 rpm离心5 min，弃上清 | |
| 用1 mL提前制备的预冷冻存液重悬贴壁/悬浮细胞沉淀，将冻存管置于程序降温盒中，梯度降温后放入- 80 ℃冰箱保存 | |
| 备注 | 配置冻存液（80%完全培养基+10% FBS+10% DMSO）， 4 ℃保存 |
4. 样品包装与储存
| 样本包装与储存 |
| 请同时在管盖和管壁上标记样本信息 |
| 如使用1.5mL-2 mL离心管，请确保质量好（管壁越厚越好） |
| 为确保实验顺利进行， 每个细胞样本准备2份， 动物样本每份≥100mg ，单独分装于冻存管中，一份为实验样本， 一份为备份样本 |
| 如需混样，请混合好再寄送，避免混样过程中造成样本损失或降解 |
Note: Refuse to accept highly pathogenic and infectious samples！
注意:拒绝接收高致病性和传染性样品！
5. 样品运输
| 样本运输注意事项 |
| 装有样本的离心管管盖用封口膜封住，和样本信息单一起装入自封袋中，样本信息单电子版发送给销售，销售发送给运营部门和收样部门 |
| 往运输的泡沫箱中倒入一半体积干冰，放入装有样本和样本信息单的自封袋， 再倒入干冰将泡沫箱填满， 使样本位于干冰中间 |
| 为了大程度的保证样本的完整性，建议用4 cm厚度泡沫箱，冻存管运输， 15 kg颗粒状干冰运输 |
| 动物组织样本运输时建议用气泡膜用1.5 mL-2 mL离心管包起来，或者将用1.5 mL-2 mL离心管装入50 mL离心管中 |
| 植物样本可采取以下几种方式进行运输： 盆栽运输 ，低温运输，培养基运输， 以及其它可以保持样品新鲜的运输方式 |
| 对于新鲜的细胞样本，请在样本到达前至少提前2天和销售沟通，并安排好样本制备时间，保证样本在下午1点前送到 |
6. 声明
我司拒绝接收《人间传染的病原生物名录》 中危害程度为第一、第二类的高致病组
织、血液、细菌等样品，只接收提取得到的核酸样品。危害程度为第三、第四类的致病性或传染性的组织、血液、细菌等样品，必须事先联系销售、技术支持确认，确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
Note: Refuse to accept highly pathogenic and infectious samples！
注意:拒绝接收高致病性和传染性样品！
表观基因组修饰有助于转录调控，但在水稻中仍未发现全面的参比表观基因组。在这里，我们开发了一种用于植物的增强型染色质免疫沉淀eChIP（enhanced chromatin immunoprecipitation）方法，并生成了五种组蛋白修饰和RNA聚合酶II的全基因组图谱[1]。通过整合染色质可及性、DNA甲基化和转录组数据集，我们在20个代表性水稻品种的不同组织中构建了全面的表观基因组景观。大约81.8%的水稻基因组具有不同的表观基因组特征。使用开放染色质和H3K4me3标记区域对启动子区域进行细化，可以深入了解转录调控。我们发现了广泛的增强子样启动子，通过染色质相互作用在转录调控上具有潜在的增强子功能。活性和抑制性组蛋白修饰和预测的增强剂在不同组织中差异很大，而非活性染色质状态相对稳定。总之，这些数据集构成了水稻功能元件注释的宝贵资源，并表明了表观基因组信息在理解转录调控方面的核心作用。
该研究全面概述了水稻的表观基因组图谱，启动子染色质特征，enhancer-like promoters和不同组织中的表观基因组动态变化模式以及遗传变异对这些水稻表观基因组图谱的影响。该研究这些数据为全面解析水稻基因组提供重要的资源。
[1] Zhao L, Xie L, Zhang Q, et al. Integrative analysis of reference epigenomes in 20 rice varieties. Nat Commun. 2020;11(1):2658. Published 2020 May 27. doi:10.1038/s41467-020-16457-5
