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生信分析

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标准化分析

RNA免疫共沉淀高通量测序（RNA Immunoprecipititation and high-throughput sequencing，RIP-Seq）是一种用于分析蛋白质与RNA交互作用的研究方法。RIP利用目标蛋白的抗体将相应的RNA-蛋白复合物（RBP）沉淀下来，分离纯化捕获的RNA，结合高通量测序技术对目标RNA进行测序分析。RNA的功能远不止转录和后续的翻译。例如，RNA-蛋白质相互作用能够调控mRNA和非编码RNA的功能。对RNA潜能的这一新认识带动了新方法的发展，使研究人员能够定位 RNA-蛋白质相互作用。RIP是一种研究单个蛋白质和…

ChIA-PET标准化分析

ChIA-PET（染色质互作分析结合配对末端标签测序,Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing）将染色质免疫沉淀(ChIP)与染色质构象捕获(3C)技术结合，不仅能锁定特定蛋白质(如转录因子、黏连蛋白)介导的染色质互作，还能通过高通量测序精确定位互作锚点，绘制出"蛋白质指导的染色质社交网络"。该技术可高效捕获动植物全基因组范围内参与多种生命活动的关键蛋白因子结合位点间的相互作用，对于理解基因转录调控、疾病发生和生长发育机理具有重要意义。鸿源…

HiChIP标准化分析

染色质不仅是遗传信息的载体，更是一个高度的动态三维网络。DNA在细胞核内并非无序缠绕，而是通过精密的折叠与相互作用形成复杂的空间构象。这些构象决定基因的时空特异性表达—例如，远距离的增强子与启动子通过染色质环(chromatin loops)物理接近、激活转录。解析染色质的空间互作模式，是理解基因调控、细胞分化及疾病机制的关键。传统Hi-C技术虽能全基因组解析染色质互作，但无法区分特定蛋白介导的相互作用。在此背景下，HiChIP（in situ Hi-C followed by chromatin immunopreci…

Hi-C标准化分析

Hi-C（High-throughput Chromosome Conformation Capture）是一种基于高通量测序的三维基因组研究技术，用于解析染色质在细胞核内的空间组织及远距离DNA相互作用(Durand NC et al., 2016)。该方法基于染色质构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，通过全基因组范围内的染色质互作检测，揭示染色体拓扑结构，如染色质环（Chromatin loops）、拓扑关联结构域（Topologically Associating Domains, TADs）和A/B染色质区室（Compartments）等。…

ChIP-Seq标准化分析

染色质免疫共沉淀高通量测序（Chromatin Immunoprecipitation and high-throughput sequencing，ChIP-Seq）是一种用于分析蛋白质与DNA交互作用的研究方法。该技术将染色质免疫沉淀（ChIP）与高通量测序技术结合，可鉴定蛋白在全基因组上的结合位点。ChIP-Seq 可以鉴定任意具有DNA结合活性的蛋白在体内的结合位点，是研究表观遗传学调控和转录调控的经典方法。

CUT&Tag标准化分析

CUT&Tag (Cleavage Under Targets and Tagmentation) 是一种用于研究蛋白质-DNA相互作用的高通量测序技术。它利用抗体特异性识别目标蛋白，并通过Tn5转座酶在目标蛋白结合的DNA附近进行切割和标签化，从而实现目标蛋白结合位点的高效富集和测序(Kaya-Okur et al., 2019)。

WGBS标准化分析

全基因组DNA甲基化测序（WGBS，Whole Genome Bisulfite Sequencing）是一种单碱基分辨率鉴定全基因组范围内DNA 甲基化水平的技术，是研究DNA甲基化的黄金标准。该技术的主要原理是通过对DNA 样本进行亚硫酸盐处理，未甲基化的胞嘧啶（C）被亚硫酸盐转化为尿嘧啶（U），而甲基化的胞嘧啶则不受影响。转化后的DNA 随后进行文库构建和高通量测序，通过比较处理后的DNA 序列与参考基因组序列的差异，可以准确地定位和量化DNA甲基化位点（Zamudio N et al., 2015）。WGBS 技术允许研究者深入…

RNA-Seq标准化分析

转录组测序是基于二代测序平台，研究特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA，对理解生物体的发育和疾病的发生具有重要作用。随着基因测序技术的发展以及测序成本的降低，RNA-seq凭借高通量、高灵敏度、应⽤范围⼴等优势，已成为转录组研究的主要方法。转录组研究能够从整体水平研究基因的表达和功能，揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的转录层面的分子机理(Wang Z et al., 2009)。